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为原创序列应用强“芯”技

发布时间:2023-04-10 12:40:54作者:本报综合来源:医药经济报

AIDD(AIDrug Discovery & Design)是近年来非常火热的技术应用,已经介入新药设计、研发的大部分环节当中。日前,人工智能基础设施和服务提供商碳硅智慧自主研发的AI驱动新药研发平台DrugFlow1.0 发布,再次引发产业界、学界和投资界对人工智能驱动新药研发未来发展的探讨。


赢在原创


近年来,随着跨界学科的飞速发展,计算科学开始为生命科学提供更多助力,以加快新药研发的效率、提高药物研发的质量。“目前许多新技术新策略已应用到创新药发现的环节中,AI即是这样一类技术。未来五年,以药物研究为代表的智能医疗将是AI最主要赋能的领域。”北京大学药学院教授刘振明表示,特别看好AI对于生物医药研发的赋能。

作为一种药物研发的全新模式,AIDD的兴起有着深刻原因。一是新药研发周期较长。在传统的药物发现中,药物发现过程依赖于科学家的研究来寻找蛋白质上的靶点,并找出对应合适的药物,同时还要保证稳定性,这往往需要花费大量时间。此外,目前全世界范围内已知的有效靶点基本上已经被开发,如何找到新的靶点成为行业共同的难题。二是实验过程需要完成分子合成、毒性实验、有效性实验等多个阶段,且投入成本高。药企需要花费大量时间和金钱才能找到合适的商业化药品,这对大部分药企来说是一笔不小的支出。而AIDD的出现大大缩短了这个进程,在人工智能技术的帮助下,药物发现和实验过程变得更加高效和智能化。

数据显示,中国的一些创新药企业已经开始关注前端研发,超过44家药企建立了跟AI研发相关的部门。刘振明指出,未来Best in class药物的生存空间将变小,First in class药物势在必行,顶层制度设计已在为创新药时代铺平道路。“中国创新药时代已经扬帆起航,在这个过程中,创新药与仿制药最大的区别是前者要发现一颗好种子,并且需一直强调新技术驱动。”


落地方式


早在2020年,AIDD就是投资领域比较热门的一个赛道,相关话题也比较多。随着AI在药物研发应用领域的不断拓展,从一开始应用在小分子药物研发,到如今与抗体药物、核酸药物、细胞治疗药物相结合,计算在药物研发领域中的作用越来越重要。

有业内人士认为,AI是非常好的降本增效工具,也是最好的落地方式。这两年AI算法更加精妙,尤其是算力方面,AI的发展已经进入到一个比较好的行业交叉点。索智生物创始人兼首席执行官许大强指出,AIDD之所以被称为工具,主要在于它的局限性,不能像人一样做决定。但如果未来有一个Transformer模型可以训练机器去学习并消化药化知识,对AI制药来说也许将是一种颠覆性的突破。

除了工具的辅助,AI还会带来哪些新的变化?五源资本董事总经理井绪天表示,在AI的驱动下,发现药物的过程已经不再充满随机性,药物发现会变成有可迭代的方法论驱动的事件,这种方法论的强弱会成为未来药企的核心竞争力,并在很多细分行业催生出新的大药企。

对于AI的期望,刘振明表示,在智能设计层面,需要基于三个理念理解AI药物研发的含义。首先,明确AI对药物发现的作用。制药需要在已知药物属性的基础上,找到药物的设计图,而AI无论从知识储备还是基于知识去生成图像方面,都比人做得更好。其次,系统认识AI在做什么。AI的定位可以说是“发现一颗好种子”,这就好比如果有Alpha Drug,就可以依据医生提出的需求,在话语空间中实现快速查找。最后,分清AI制药公司的类别。一类是IT驱动的AI公司,另一类是药学驱动的AI公司。“最终目标是品种交付,因此AI实际上更多的是赋能研发过程。基于此,更为明智的选择是遵循和赋能候选药物的发现流程,在某几个环节去提升新药研发的效率,如降低单品种的研发费用、缩短研发时间、提高研发成果率等,即能很好地体现出AI的价值。在这三个理念的支持下,围绕药物发现规律展开工作。”


算法迭代


AI是数据驱动,数据是AI的根,AI模型是否自主可控,能不能培育自己的特点,与数据有关。在一些专家看来,AI在药物研发中目前还只限于在一些局部发挥作用。此外,AI不是一个孤立、单独存在就能发挥作用的个体,它必须跟整个研发流程相结合相打通,包括计算服务器的平台搭建,以及相关AI人才的培养等。

未来,在药物研发上,计算和物理相互驱动是不少专家的共识。中南大学药学院教授曹东升认为,一定要把计算模型和算法跟实验有机结合,形成假设-验证-计算-调整的闭环系统,这样才能够有效提升模型的精度,同时也能够用于开发一些新型的药物。四川大学教授杨胜勇表示,AI能够使药物设计的速度和精度同时突破。不过,最好还是应用物理原理提高精度。而AI跟物理原理的结合,在分子模拟上大大提高基于物理原理计算的速度同时提高精度,“两者结合,应该是未来的一个发展方向。”

在产业界看来,未来最需要计算解决的需求是什么?罗氏中国研究中心博士林毅希望,在一个更大的化学空间去探索,比如做十亿级别乃至更大级别分子空间的一些虚拟筛选,同时有一些可能更精确或是更快的计算方法。

医科院药物研究所教授方小涧认为,未来的难点和重点在于,找到未被满足的临床需求。“药物设计包括药物发现,只有在具有较大的临床价值的情况下才会开展。如果方向没找对,做得越多,可能无用的劳动越大。”

方小涧进一步指出,相比传统的CADD的方式,AIDD能从各个维度深入挖掘临床生物靶标以及小分子的海量数据,尤其是处于临床阶段的小分子的相关数据,同时进行学习和分析。但面对这些海量的数据,AI想真正发挥作用,一方面需要不断进行数据的更新和挖掘,另一方面则是需要更加新的一些算法,尽量做到快速迭代,这样才能够成为研究人员真正能使用的辅助工具。“药物化学今后的研究重点,会从现在单纯依靠合成生物活性走向综合的数据分析和设计推演,从依靠体力劳动去堆积化合物的数量,向有针对性地依靠智能方法去提高质量,从而实现药物研发的重心转移。正如《孙子兵法》里提到的‘先胜而后战’,这种理念的想法和发展,将是AI进步的一个研究方向。”


★★★ 小结 ★★★


去年8月,Data Bridge Market Research发布的“药物发现市场中的全球人工智能(AI)”报告指出,2022 年由于慢病患者数量的增加和人们健康意识的提高,以及对传染病诊断试剂盒的需求增加,加速了亚太地区AIDD的发展。随着用于药物发现的人工智能技术进步提速,中国将成为亚太地区该领域的主导国家。预计到 2029 年,亚太地区药物发现市场的人工智能价值将达到 34亿美元,预测期内的复合年增长率为50.9%。

当下,正是将AI、自动化等技术引入制药等生命科学领域的窗口期。随着制药领域的“低垂果实”被不断收割,以算法、算力、数据和高通量实验迭代为基石的AI制药理念,将开启创新药研发新范式,赋能创新药企去穿越窄门。不过,有业内人士指出,受资金和各方面资源影响,目前使用AIDD的企业还是极少数,能合作的对象也非常有限,因此,投入和产出需要非常谨慎。


(本文根据AI新药研发平台DrugFlow1.0发布会暨人工智能驱动新药研发进展与挑战研讨会等相关论坛整理)

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