基线调查的内容包括重点联系城市各区基本情况调查、社区卫生服务机构基本情况调查、对象满意度调查和服务质量调查。调研的对象包括193个市辖区卫生局、1917个社区卫生服务中心和5321个站，抽样调查了22,041名社区卫生服务使用者，抽查门诊处方75,100张。负责此次调研数据分析的华中科技大学同济医学院公共卫生服务研究中心卢祖询教授评价：大多数指标有较好的逻辑性，或与实际情况的符合程度比较高，表明本次基线调查数据质量较好。

　　覆盖率仍有待提高。社区卫生服务机构建成数量距离规划数量相差近1/4（中心77.55％、站74.68％），少数城市社区卫生工作颇有成效，但覆盖率不够。以政府为主举办社区卫生服务的基本政策落实较好，但部分城市社区卫生服务站由个人举办的比例较高，有的城市该比例超过40％，甚至达到70％以上。

　　调查显示，每名医生服务总人口数为1351人，每名护士服务的总人口数为2128人。社区卫生人员配置数量基本达标，但质量不高。专科生和本科生占整体比例为38%和31%，61%为初级职称。社区卫生服务机构的全员聘用制度广泛实施，但临聘人员的问题值得重视。81.99％的中心、86.03％的站实行全员聘用制度；临聘人员中心占25.15%，站占31.2%，个别城市临聘人员超过80%。

　　经费投入较为理想。各级财政对社区卫生服务的投入在不断增加，以区级财政投入为主。2007年社区卫生服务经费占卫生事业经费预算的比例为25.58％，比2006年增加了6.82个百分点。社区卫生服务专项经费支出构成以公共卫生支出为主，占专项经费总额的49.77％。公共卫生经费逐步落实，但各地投入差别比较大，重点联系城市中，2006年人均公共卫生经费超过10元/年的地区有上海长宁和松江、杭州、武汉、北京、厦门、深圳和昆明，其中上海最高，达到50元/年，杭州30元/年。

　　在社区的业务用房问题上，36.4％的中心业务用房面积小于1000平方米，48.1％的站业务用房面积小于150平方米；1/3的中心、1/2的站采用租房，其中70%是部分或全部由自己承担租金。社区卫生服务中心对站的管理机制有待理顺和加强，中心、站实现一体化管理的占62.75％。

　　药品管理水平不佳。调查显示，业务收入是社区卫生服务机构收入的主要来源，药品收入占业务收入的比重较大。中心门诊药品收入比例接近70％，住院药品收入也超过50％；站门诊药品收入比例超过70％，2007年上半年接近80％，可见以药养医的局面仍然十分普遍。54.21％的辖区实施了药品统一采购、集中配送制度，28.27％的辖区实行药品零差率销售试点，平均每区实行药品零差率销售的机构为29个、药品数为200种。12.63%的辖区开展了医药分开或药房托管制度试点，平均每区试点机构数为4.74个。